Program Mahad Aly An-Nuaimy
Mahasiswa Mahad Aly An-Nuaimy wajib menyelesaikan semua program wajib Mahad yang meliputi Kuliah Intensif, Program Tahfidz dan Sebar Dai Nusantara
Kuliah Intensif
Pendidikan ditempuh selama dua tahun intensif dengan bahasa arab sebagai bahasa perkuliahan. Dosen berasal dari lulusan universitas dalam dan luar Negeri.
Program Tahfidz
Progam ini dilauncing tahun 2012 dan telah mewisuda sebanyak 110 Hafidz (Hafal Al-Quran 30 Juz). Progam ditempuh selama satu tahun setelah mahasiswa menyelesaikan program perkuliahan formal.
Sebar Dai Nusantara
Program sebar dai nusantara merupakan implementasi dari visi dan misi mahad untuk memenuhi kebutuhan bangsa terhadap pendidik dan guru agama yang memiliki kapasitas keilmuan islam dan integritas.